Los Sistemas de Filtración (SF) de ACI son unidades de arena y membrana que pueden eliminar virtualmente toda la turbidez, parásitos y bacterias en la producción de 1000 - 10.000 litros diarios para escuelas, hospitales y pequeñas aldeas etc. A partir de 2017 ACI tiene 74 sistemas de filtración instalados en todo el mundo.

En Managua, Nicaragua, en octubre de 2013, un equipo de ACI viajó a varias partes de Managua para instalar 13 Sistemas de Filtración en 12 escuelas gracias a la ayuda de Escuelas Cristianas Mundiales. La escuela más grande estaba en un área llamada Tipitapa. ACI construyó dos sistemas de filtración en dos puntos diferentes de la escuela, los cuales abastecen a más de 3000 estudiantes con agua potable.

En Kenia, se han instalado varios Sistemas de Filtración en los últimos cinco años. En 2015, Aqua Clara Kenia construyó un Sistema de Filtración en el barrio de Kibera de Nairobi. Kibera es uno de los barrios tugurios más grandes del mundo y ha sido un epicentro de la violencia cuando se dan las elecciones. Allí, una keniana llamada Lilian Akin comenzó la escuela Magoso para huérfanos en 1997. Alberga 600 alumnos en el corazón de Kibera. Ahora bien, el pozo excavado a mano y contaminado de la escuela tiene una bomba solar instalada que conduce a un sistema de filtración de Aqua Clara, que suministra agua potable a todos los estudiantes y habitantes de los alrededores.