Aqua Clara tiene dos regiones principales de operación en Kenia; las áreas rurales alrededor de Kisii (Masaba del Sur) y las zonas rurales de los alrededores de Eldoret (Uasin Gishu). El programa regional Kisii se estableció en junio de 2009, y el programa regional de Eldoret se puso en marcha en abril de 2011. ACI Kenia también se asocia con varias organizaciones internacionales y nacionales en toda África a través de la transferencia de tecnología, capacitación y suministro de filtros.